El 1 de marzo de 1854 fue proclamado el Plan de Ayutla por el coronel Florencio Villareal y apoyado por Juan Álvarez e Ignacio Comonfort. En este documento se desconocía al gobierno de Santa Anna. Asimismo, se planteaba nombrar a un presidente interino, quien convocaría a un Congreso extraordinario para la elaboración de una nueva Constitución.
El mismo general Juan Álvarez encabezó el movimiento militar, que se extendió por diversos estados del país, esto obligó a Santa Anna a renunciar el 12 de agosto de 1855 y a huir a la Habana, Cuba.
Este evento provocó enfrentamientos entre los liberales y conservadores, las discrepancias sobre las formas de gobernar y las reformas sobre el clero y el ejército no conciliaban los intereses de los políticos de ese momento. Sin embargo, Ignacio Comonfort logró conciliar a los dos bandos, Juan Álvarez fue nombrado Presidente interino y duró en este cargo sólo dos meses.
El Plan y el levantamiento de Ayutla marcaron el inicio de otro momento histórico de nuestro país, el inicio de la Guerra de Reforma.